Il Madagascar è tagliato da un lungo altipiano centrale in due aree: la costa orientale, interessata dagli umidi alisei, è coperta da foreste pluviali, bananeti, piantagioni di leechy e di vaniglia; la sponda occidentale è più secca, coperta da savane dove pascolano gli zebù e oasi di baobab.

L´estremo sud dell´isola è un´area ancora diversa, caratterizzata dalla “foresta spinosa”, dove crescono decine di varietà di aloe e spettacolari cactus.

I geologi stimano che 165 milioni di anni fa il Madagascar fosse connesso con il continente africano e che nei successivi 15 milioni di anni si sia distaccato, favorendo così uno sviluppo della fauna e della flora a sè stanti.
Per questo motivo il Madagascar viene talvolta soprannominato l'"ottavo continente".

Un esempio dell'unicità del Madagascar è la presenza di ben sette tipi diversi di baobab, mentre in Africa se ne trova solo una specie.

Nel parco Isalo si trovano i baobab nani, le cui dimensioni non devono però ingannare sull'età degli alberelli, che sono ultracentenari.

Numerosi baobab si trovano lungo la costa occidentale: nella zona di Morondava si può percorrere la famosa Avenue du baobab.

In Madagascar non ci sono i grandi mammiferi come i leoni, gli elefanti, le antilopi presenti invece nella vicina Africa.

Vi sono però numerosissime specie di rane, di farfalle, di rettili e di mammiferi che non si trovano in nessuna altra parte del mondo.

Tra i mammiferi, i più famosi sono i lemuri, primati progenitori delle scimmie, che hanno dimensioni variabili da quelle di un piccolo cane a quelle di un topo.

Si possono trovare in vari habitat, dall'umida foresta pluviale dell'est al secco e spinoso deserto a sud.

Mangiano generalmente frutta e foglie.

Alcune specie notturne si nutrono principalmente di piccoli insetti e alcune anche uova, rettili e uccelli.

I lemuri svolgono un importantissimo ruolo nell'ecosistema perché nutrendosi di frutta e muovendosi molto (e con essi i semi negli escrementi) aiutano lo sviluppo e il mantenimento della flora.

La biodiversità del Madagascar è fortemente minacciata dalla deforestazione e dalla pratica del "taglia e brucia".

A partire dagli anni '90, diversi passi sono stati fatti per rallentare la distruzione delle foreste e per tutelare ciò che è rimasto, a partire dall'istituzione di alcune riserve e parchi nazionali.